车牌识别系统在交通违法行为自动识别中主要有以下应用：

超速行驶检测：通过在不同点位安装摄像头，记录车辆通过时间，自动计算平均车速，从而判定是否超速。

违法停车监控：在禁止停车的区域安装车牌识别摄像头，自动识别违停车辆并记录。

闯红灯检测：在路口安装车牌识别系统，自动捕捉闯红灯的违法行为，并与数据库中的车辆信息进行比对。

套牌车辆识别：利用车牌识别技术识别车辆的头尾车牌是否一致，从而发现套牌车。

私自改装车辆识别：系统里储存了全国所有车型的原厂数据，会自动比对车辆外观特征，如改装的车灯、排气管等，从而识别私自改装的违法行为。

车牌污损处理：支持污损车牌的识别，保证即使车牌有损伤或污渍，也能准确识别。

这些应用都大大提高了交通管理的效率和准确性，减少了人力成本，同时增加了违法行为的查处的及时性和公正性。